Для появления чего либо нового, должна быть причина, дающее такое основание. Для появления военного флага для русского флота должна была появиться причина, т.е. собственно флот.

В 1667 - 1669 гг., после постройки под Москвой, в селе Дединове на Оке, малой флотилии для защиты торговых караванов на Волге и Хвалынском (Каспийском) море, капитаном флагмана «Орел»  Д.Бутлером был поставлен вопрос о государственном знамени для флотилии. До этого случая подобный вопрос не возникал. И результатом исторических изысканий становится справка под названием: «Писание о зачинании знак и знамен или прапоров». Это значит, что для новопостроенной флотилии нельзя было построить «слово в слово»новое знамя против прежнего «ветхого», так как «ветхого» для этого случая не сыскалось, а следовательно «флага узаконенного рисунка», для флота не имелось, по вполне естественной причине отсутствия флота. Тем не менее решение было найдено и в 1668 году Сибирский приказ, отпустил «310 аршин киндяков да 150 аршин тафт червчатых, белых и лазоревых к корабельному делу на знамена и яловчики».

Единственный флаг, имевший красный, белый и лазоревый цвета, и изображенный в гравюре 1696 года А.Шхонебека «Осада Азова», позволяет предположить, что при малочисленности первой морской флотилии и патриархальной неизменности русского быта в допетровские времена, перед нами почти неизмененный рисунок первого флага. «Почти» связано с отсутствием на этом флаге царского знака: золотого двуглавого орла, т.к. известно, что на носу и корме «Орла» находились резные деревянные орлы и на его флаги велено было нашить российский государственный герб. «Гербом» Алексея Михайловича был золотой двуглавый орел, Петр I получил такого же, оставшись единодержавным царем и помещал такого же на «флаг царя Московского». Если и дальше следовать полному совпадению знаков, то на полотнище с синим прямым крестом и двумя белыми, и двумя красными четвертями, расположенными в шахматном порядке, царский знак должен бы попасть в верхнее белое поле, т.е. в крест (=в крыж), почетное место у древка знамени - чтобы не нарушать целостность креста. Как, все-таки, случилось - у стрельцов.

На рисунок флага можно посмотреть и по-другому: военная флотилия для охраны торговых судов должна иметь явно воинский, а по тем временам стрелецкий флаг. Стрелецкие знамена в большинстве своем были «крестовыми». В 1696 году Петр I еще не проводил методичного уничтожения стрелецкого войска. Поэтому можно определенно сказать, что на гравюре «Осада Азова» изображены стрелецкие суда. В «Книге о флагах» Карла Алярда, изданной в 1705 г. в Амстердаме и переизданной спустя четыре года, уже на русском языке, в Москве, так же встречаем описание этого флага. Крестовый флаг встречается и в книге «Флаги разных государств», изданной в России в начале XIX века, где он назван «Флагом Московского дворянства». Если допустить, что стрельцов охранявших московский кремль посчитали дворовыми, дворянами  при царском дворе, то название флага не ошибочное, а не совсем точное. А если вспомнить, что старшая сестра Петра I, Софья, направляя стрелецкий бунт к получению для себя власти, пожаловала московским стрельцам под начальством князя Хованского название верной - надворной пехоты, то в совпадении типа флага и его названия неточности нет. Что было, то и отражено. Время правления Софьи Алексеевны 1682 - 1689 гг., что позволяет отыскать для первого русского военно - морского флага еще одну отметку во времени, предваряющую дату осады Азова не менее чем на 5-6 лет. Косвенно это подтверждается и тем, что при осаде Азова и в книге К. Алярда флаги показаны без двуглавого орла, на которого правительница Софья не имела права вообще (без коронования), а царь Петр еще не имел такого права до 1696 г.

Тем не менее уход от традиционного построения рисунка первого флага был предопределен. Все «стрелецкое» связывалось у Петра I с тяжелыми и кровавыми воспоминаниями, и к Новому 1700 году, вместо уничтоженных стрельцов, на Москве-реке стояли новые солдатские полки, 12000 человек хорошо вооруженные и красиво одетые. Однако желание сохранить цвета первого военного флотского флага, но не в «стрелецком» виде, не оставляют царя Петра. В 1692 -1712 гг. им составляется около тридцати типов корабельных флагов. Андреевский крест то «прорезал» с угла на угол три полосы, то обрамлялся ими сверху и снизу, то предварял их у древка. Двадцатилетний опыт совмещения андреевского креста с трехцветным полем говорит о том, что царь точнознал о смысловом значении выбранных символов.  Но ... Крепко сбитый «крестовый» флаг не поддавался переделке по западным геральдическим правилам и Петру I пришлось разделить цвета и крест на самостоятельные изображения. Расположение цветов в полосатом флаге многие исследователи связывают с иностранным влиянием на юного Петра, что не совсем правильно. Действительно, желая уйти от «стрелецкого» типа флага, Петр вводит флаг полосатый, весьма непривычного для России построения, но выбор последовательности в

чередовании цвета полос был определен первым флагом русского флота, т.е. была сохранена последовательность цветов прилегавших к «древку», в той же последовательности «отцовского» флага был построен и флаг «Царя московского».  Иностранное влияние на юного царя проявилось, как это не покажется странным, в замене центральной фигуры флага: когда прямой лазоревый крест был заменен лазоревым же, но Андреевским крестом.

В.Иванов в брошюре «Православный мир и масонство» приводит следующие сведения: «В одной рукописи Публичной Библиотеки рассказывается, что Петр был принят в шотландскую степень св.Андрея, причем дал обязательство, что сей орден восстановит в России, что и исполнил, (в виде ордена св. Андрея Первозванного, учрежденного в 1698 году). Оставя епанчу зеленую, как она и должна быть, но ленту вместо зеленой сделал голубую; его письменное обязательство существовало в прошлом веке в той же ложе, где он был принят, и многие оное читали». Среди рукописей масона Ланского есть обрывок серой бумаги, на котором записано такое известие: «Император Петр I и Лефорт были в Голландии приняты в Тамплиеры»[1]. В рукописи Публичной Библиотеки (1816г.) «Взгляд на философов и революцию Французскую» указано, что масонство «существовало во время царя Алексея Михайловича, и Брюс был оного Великим Мастером, а царь Петр был первым надзирателем, потом Великим Мастером Кейт»[2].

10 марта 1699 г. был утвержден первый военный орден в честь покровителя России св. Андрея Первозванного со знаком лазурного скошенного креста. Около 1700 г. Петр Великий, собственноручно составляя описание некоторых российских флагов, отметил: «Флаг белый, через который синий крест св.Андрея, того ради, что от сего апостола приняла Россия святое крещение». В своем письме к Ф.М. Апраксину от 2 мая 1703 года он пишет: «... слава, слава, слава Богу, за исправление нашего штандарта во образ святого Андрея».

Днем окончательного раздела «полосатого» и «андреевского» флагов можно считать 20 января 1705 г., когда по указу царя «полосатый» флаг закреплялся за торговыми речными судами, а «андреевский» флаг достался русским военным кораблям, что нельзя считать случайностью. Имя «Андрей» переводится с греческого языка как «мужественный», андреевский крест - разновидность знака «умножение», белое поле флага - чистота, незапятнанная честность. «Умножение мужества в (поле) честности» - общий смысл флага, снискавшего всемирную известность храбростью русских моряков, ставшего видимым знаком «Русская честь».

Рисунок флага, хорошо знакомый нашим современникам, установился вскоре после 1712 года, когда вместо несимметричного креста, концы которого не доходили до углов и краев полотнища, был введен рисунок более правильный, в котором обуженные линии креста доходят до углов полотнища и располагаются строго по диагонали.